Für den Ort tauchen in den historischen Unterlagen über die Jahrhunderte verschiedenste Schreibweisen auf. So ist unter anderem die Rede von: Ubenkofen, Upfkouer, Upfkchover, Upfchouer, Uoppchofer, Upchouer, Uppchover, Upfchover, Uppehoven, Uppfchofen, Uffchoffen, Uppchoffen, Uppfkofen.

Upfkofen mit der Kirche lag im 16. Jahrhundert im Rentamt Landshut und im Gericht von Kirchberg. Im Jahr 1823 setzte sich das Dorf Upfkofen aus 32 Häusern, einer Tochterkirche und einem Wirtshaus zusammen. 130 Einwohner lebten im Ort. 1925 zählte man schon 250 Einwohner in 47 Wohngebäuden. Im 15. Jahrhundert scheint Upfkofen ein selbständiger Pfarrsitz gewesen zu sein, da in den Urkunden von Seligenthal der Pfarrer und die "Zechleute" (Kirchenpfleger) aufgeführt sind.

Später wurde dann der Ort der Pfarrei Ascholtshausen angegliedert.

Upfkofen zählt derzeit 205 Einwohner.