Der Markt Mallersdorf-Pfaffenberg, das neue Mittelzentrum, liegt zentral im Städteviereck Regensburg - Landshut - Dingolfing - Straubing.
Von Osten nach Westen zieht sich die Staatsstraße 2142 von Straubing kommend durch das Gemeindegebiet und bringt bei Oberlindhart die Anbindung an die B 15, die von Süden nach Norden verläuft und die direkte Verbindung nach Landshut und Regensburg ist.
Über die B 15 ist auch der direkte Weg an die B 15 neu über die Anschlussstellen Schierling Süd bzw. Neufahrn Nord in wenigen Minuten gegeben. Auf diesem Weg ist man in 25 Minuten in Regensburg oder in 50 Minuten am Flughafen München.
Über Kreis- und Staatsstraßen (Hofkirchen - Mengkofen) erreicht man Dingolfing ebenfalls in 25 Minuten.
Außerdem führen die Bahnstrecken Straubing - Neufahrn i.NB und München - Landshut - Regensburg - Nürnberg durch das Gemeindegebiet. An drei Bahnhöfen kann man in die Gäubodenbahn zu- und aussteigen.
Sternförmig verbindet ein gut ausgebautes Netz von Kreis- und Gemeindestraßen die Marktgemeinde mit dem Umland.